Über den Ozean
Die Hauptinseln von Yap wurden von Migranten aus Ostindonesien oder den Philippinen besiedelt. Auch wenn Archäologen noch nicht endgültig feststellen konnten, wann oder wie Yap besiedelt wurde: wahrscheinlich ist die Ankunft von Siedlern schon zweitausend vor Christus. Im Laufe der Jahre entwickelten die Migranten - nachdem sie vieles systematisch ausprobiert hatten - ein sehr erfolgreiches System der Landwirtschaft mit Sumpftaro und eine nachhaltige Methode der Küstenfischerei. Die meisten anderen Inseln von Yap State waren dagegen von Migranten besiedelt, die über Melanesien aus Ostmikronesien gekommen waren. Lange bevor die Europäer die Inseln „entdeckten“, gab es einen regen Handelsverkehr mit gut durchdachten Segelkanus zwischen den Inseln Mikronesiens.

Die Legende
Es war einmal eine fünfte Insel namens Seepin, 35 Meilen nordöstlich von Rumung. Eines Tages hatten die Leute auf Seepin einen Traum. Dieser handelte davon, dass schreckliche, weißhäutige Menschen auf einem riesigen Schiff zu den Inseln kamen. Es wurde daraufhin ein Treffen aller Häuptlinge einberufen, um zu besprechen, was bei der drohenden Ankunft der fremden „Geister“ getan werden sollte. Es wurden monatelang wilde Diskussionen geführt, wobei einige der Häuptlinge dafür waren, erst einmal abzuwarten.  Die Anführer von Seepin hingegen drängten mit Nachdruck darauf, dass alle Inseln ihren Zauber einsetzen sollten, um im Meer zu versinken und so auf diese Art vor den Fremden zu fliehen. Die Häuptlinge überlegten hin und her und schienen wie gelähmt und nicht in der Lage zu sein, eine endgültige Entscheidung zu treffen. Das fremde Schiff kam, genau so wie die Anführer von Seepin es vorhergesagt hatten. Als der Mast des Schiffs am Horizont auftauchte, hörten die Leute von Seepin auf zu reden und verabschiedeten sich unter Tränen von ihren Freunden auf den anderen Inseln. Da sie entschlossen waren, nicht mit den Fremden zusammenzutreffen, riefen sie ihre größten Zauberer herbei und ließen die ganze Insel in den Fluten versinken. Sie wurden nie wieder gesehen.

Begegnung mit dem Westen
1525 erreichte der portugiesische Forscher Diego Da Rocha Ulithi und blieb vier Monate dort. Der älteste, jemals gefundene schriftliche Bericht, in dem die Namen der Inseln von Yap State auftauchen, bezieht sich auf seinen Besuch. In den darauf folgenden zwei Jahrhunderten bereisten über zwanzig andere Forscher und Handelsreisende spanischer, britischer, niederländischer und amerikanischer Herkunft die Region, aber erst 1869 wurde mit der Gründung einer deutschen Handelsfirma in Yap regelmäßig Kontakt mit der Außenwelt aufgenommen. In den 1880ern diente Yap – mit inzwischen vier ausländischen Handelsfirmen – als größter Kohlelieferant und wichtige Sammel- und Handelsbasis für Seegurken und Copra der Westkarolinen. Papst Leo XIII unterstützte Spaniens Anspruch auf diese Inseln, gewährte aber Deutschland und anderen interessierten Ländern Handelsrechte.

Kriege und Besatzung
1899 verkaufte Spanien, nachdem es den Spanisch-Amerikanischen Krieg verloren hatte, Mikronesien für 4,5 Millionen Dollar an Deutschland. Die deutsche Kolonialverwaltung dauerte von 1899 bis 1914. Zu Beginn des ersten Weltkriegs 1914 besetzte die japanische Armee die Inseln. Mit der Genehmigung des Völkerbunds baute Japan 1920 offiziell eine Zivilregierung in Mikronesien auf. Während des zweiten Weltkriegs befestigten die Japaner die Inseln und bauten Flugplätze. Am 30. März 1944 wurde Colonia erstmalig durch die Alliierten bombadiert. Die Bombardements betrafen dabei vor allem den fast fertig gestellten Flugplatz im südlichen Teil von Yap und den im Bau befindlichen Flugplatz in Tomil. Um das Überleben der japanischen Truppen zu sichern, begann man damit, auf der Insel großflächig Gemüse anzubauen, während amerikanische Flugzeuge bis zum Ende des Krieges tägliche Angriffe flogen. Nach dem zweiten Weltkrieg erlangten die Vereinigten Staaten die Kontrolle über Mikronesien – durch Abschluss eines Vertrags, mit dem Mikronesien UN-Treuhandgebiet wurde.

Unabhängigkeit
Nachdem es vier ausländischen Mächten unterstellt gewesen war und über hundert Jahre der Fremdherrschaft erlebt hatte, machte  Yap 1979 den ersten Schritt in Richtung Unabhängigkeit. Yap wurde einer der Staaten der neu gebildeten Föderierten Staaten von Mikronesien. 1986 traten die FSM der Compact of Free Association mit den USA bei und wurden 1991 Mitglied der Vereinten Nationen. Der Staat Yap ist heute eine konstitutionelle Demokratie.

Staatsflagge von Yap
Die Flagge symbolisiert drei kulturelle Elemente, ein traditionelles Yap-Kanu mit gehisstem Segel, das Steingeld und ein fünfzackiger Stern für die Navigation. Die Flagge gibt es seit 1980.